Toppidrettslinjen legger tilrette for elevene skal oppnå de kunnskaper, holdninger og ferdigheter som muliggjør en toppidrettskarriere. Padling på toppidrettslinjen har et tett samarbeid med de representative kajakklubber, hvor treningsprogram og tilrettelegging for hver enkelt elev skal få optimalisert sin trening og skolehverdag. I utgangspunktet legges det opp til en økt på skolen hver dag, hvor tre av øktene foregår på sjø (ved Njørd ro-og kajakklubb) og de resterende to økter foregår på skolen (basis- og styrketrening). Elevene blir fulgt tett opp av trener på hver eneste økt, i tillegg til at elevene får oppfølgning innenfor ernæring, mental trening, styrke og basis trening samt tilgang til fysioterapeut.